近日，科技部、財政部、國家稅務總局聯合發布了“關于修訂印發《高新技術企業認定管理工作指引》的通知”。該新版《工作指引》與2008年頒布實施的《高新技術企業認定管理工作指引》相比有了較大調整。據悉，新的指引于2016年1月1日起實施。原《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2008〕362號）、《關于高新技術企業更名和復審等有關事項的通知》（國科火字〔2011〕123號）同時廢止。
通知中指出，2016年1月1日前已按《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2008〕172號，以下稱2008版《認定辦法》）認定的仍在有效期內的高新技術企業，其資格依然有效，可依照《企業所得稅法》及其實施條例等有關規定享受企業所得稅優惠政策。
按2008版《認定辦法》認定的高新技術企業，在2015年12月31日前發生2008版《認定辦法》第十五條規定情況，且有關部門在2015年12月31日前已經做出處罰決定的，仍按2008版《認定辦法》相關規定進行處理，認定機構5年內不再受理企業認定申請的處罰執行至2015年12月31日止。
通過對比，新版《工作指引》與2008年頒布實施的《高新技術企業認定管理工作指引》相比有了較大調整，主要在以下幾個方面：
在認定材料方面，新《工作指引》將散見于認定條件中所有需提交的證明材料在開篇“認定資料”中進行梳理，相較于2008版《工作指引》更為明確。
同時，新《工作指引》對高新技術企業認定條件在實踐中有爭議的內容進一步明確，在評判標準上實行定性和定量的雙重標準，評分標準更加細化，認定條件更加規范。對于企業而言，新《工作指引》在一定程度上體現了《高新技術企業認定管理辦法》對中小企業的政策扶持。
在知識產權評價上，新《工作指引》采用分類評價方式，更加體現了對不同知識產權的認可、保護程度不同，也更加體現了公平公正。對于按II類評價的知識產權，在申請高新技術企業時，僅限使用一次。由于I類知識產權創造性要求更高、認定程序更為嚴格，轉化后的價值更高，因此對I類和II類分別評價更加體現公平性，更有利于鼓勵企業的自主創新。
同時，對于知識產權有多個權屬人時，限定只能由一個權屬人在申請時使用。這樣不僅可以防止知識產權的濫用，而且有利于提高企業自主創新的積極性和公平競爭。此外，在知識產權的有效性上不再局限于以取得證書為準，增加了企業取得授權書并能提供繳費收據為準的方式，解決了實際工作中I類知識產權申請時間長的難題。
新《工作指引》也明確了主要產品（服務）是指占同期高新技術產品（服務）收入中超過50%的產品（服務），且應與知識產權關聯；申報過程中的“總收入”是指收入總額減去不征稅收入；企業職工總數、科技人員數均按照全年月平均數計算等多項認定內容。
此外，新《工作指引》在研究開發組織管理水平方面，增加了考核的內容，更加重視企業長期的人才培養的制度化設計，符合大眾創業、萬眾創新的精神。這對于企業自身來說，提出了更高的創新要求。同時，明確規定編制研發費用輔助賬作為考量內容，規范了企業對研發費用的管理。
